Berdasarkan Peraturan Daerah Kabupaten Karangasem Nomor 07 Tahun 2008 tentang Struktur Organisasi Perangkat Daerah Kabupaten Karangasem, maka Struktur Organisasi Dinas Kesehatan Kabupaten Karangasem dapat dilihat sebagai berikut :
Kepala Dinas memimpin Dinas Kesehatan yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Bupati melalui Sekertaris Daerah.
Sekretariat dipimpin oleh seorang Sekretaris yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Kepala Dinas, membawahi 3 (tiga) Sub. Bagian yaitu :
1) Sub. Bagian Umum dan Kepegawaian
2) Sub. Bagian Keuangan
3) Sub. Bagian Penyusunan Program dan Anggaran.
Masing -masing Sub. Bagian dipimpin oleh seorang Kepala Sub Bagian yang berada dibawah dan bertanggungjawab kepada Sekretaris Dinas.
Bidang Pengembangan Kesehatan di pimpin oleh seorang Kepala Bidang yang berada di bawah dan bertanggungjawab kepada Kepala Dinas, membawahi 3 (tiga) Seksi yaitu :
1) Seksi Pengkajian dan Pengembangan Kesehatan
2) Seksi Promosi Kesehatan
3) Seksi Evaluasi dan Pelaporan
Masing – masing Seksi dipimpin oleh seorang Kepala Seksi yang berada dibawah dan bertanggungjawab Kepada Kepala Bidang Perencanaan dan Pelaporan.
Bidang Pelayanan Kesehatan di pimpin oleh seorang Kepala Bidang yang berada di bawah dan bertanggungjawab kepada Kepala Dinas,
membawahi 3 (tiga) Seksi yaitu :
1) Seksi Pelayanan Kesehatan Dasar, Rujukan dan Khusus
2) Seksi Farmasi, Sarana dan Peralatan Kesehatan
3) Seksi Registrasi, Akreditasi, Sertifikasi dan Perijinan
Masing-masing Seksi dipimpin oleh seorang Kepala Seksi yang berada dibawah dan bertanggungjawab Kepada Kepala Bidang Pelayanan Kesehatan.
Bidang Pengendalian Masalah Kesehatan di pimpin oleh seorang Kepala Bidang yang berada di bawah dan bertanggungjawab kepada Kepala Dinas,
membawahi 3 (tiga) Seksi yaitu :
1) Seksi Pengendalian dan Pemberantasan Penyakit.
2) Seksi Surveilans, Wabah dan Bencana
3) Seksi Kesehatan Lingkungan
Masing – masing Seksi dipimpin oleh seorang Kepala Seksi yang berada dibawah dan bertanggungjawab Kepada Kepala Bidang Pencegahan, Pemberantasan Penyakit Menular dan Penyehatan Lingkungan.
Bidang Bina Kesehatan Masyarakat di pimpin oleh seorang Kepala Bidang yang berada di bawah dan bertanggungjawab kepada Kepala Dinas, membawahi 3 (tiga) Seksi yaitu :
1) Seksi Jaminan Pemeliharaan Kesehatan Masyarakat
2) Seksi Gizi Masyarakat
3) Sekksi Kesehatan Keluarga
Masing – masing Seksi dipimpin oleh seorang Kepala Seksi yang berada dibawah dan bertanggungjawab Kepada Kepala Bidang Bina Kesehatan Masyarakat.
