Berdasarkan Peraturan Bupati Karangasem Nomor 37 Tahun 2016 Tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas dan Fungsi Serta Tata Kerja Perangkat Daerah Kabupaten Karangasem, maka Struktur Organisasi Dinas Kesehatan Kabupaten Karangasem dapat dilihat sebagai berikut :
Kepala Dinas memimpin Dinas Kesehatan yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Bupati melalui Sekertaris Daerah.
Sekretariat, yang membawahkan :
- Sub Bagian Umum, Kepegawaian dan Keuangan; dan
- Sub Bagian Penyusunan Program, Evaluasi dan Pelaporan
Bidang Kesehatan Masyarakat, yang membawahkan:
- Seksi Kesehatan Keluarga dan Gizi;
- Seksi Promosi Kesehatan dan Pemberdayaan Masyarakat; dan
- Seksi Kesehatan Lingkungan, Kesehatan Kerjda dan Olah Raga.
Bidang Pencegahan dan Pengendalian Penyakit yang membawahkan :
- Seksi Surveilans, Bencana dan Imunisasi;
- Seksi Pencegahan dan Pengendalian Penyakit Menular; dan
- Seksi Pencegahan dan Pengendalian Penyakit Tidak Menular dan Kesehatan Jiwa
Bidang Pelayanan Kesehatan dan Sumber Daya Kesehatan yang membawahkan :
- Seksi Pelayanan Kesehatan;
- Seksi Kefarmasian, Alat Kesehatan dan Perbekalan Kesehatan dan
- Seksi Pengembangan Sumber Daya Kesehatan
